蝙蝠是自然界携带哺乳动物病毒最多的野生动物，目前从其体内已发现130多种，其中不乏对人畜高致病性的尼帕病毒、亨德拉病毒、埃博拉病毒、狂犬病毒和SARS样冠状病毒等。我国云南省地处亚热带，流行多种自然疫源性疫病，但该地区蝙蝠所携带病毒的病原生态学本底信息却比较匮乏。
由军事医学科学院军事兽医研究所涂长春研究员主持的，联合云南省地方病防治所和成都军区疾病预防控制中心的自然科学基金-云南联合基金项目在云南省及缅甸的蝙蝠病毒研究中取得重要进展。该项目科研人员从我国云南省9个市20个县和缅甸2个县的重点地区采集了29种蝙蝠。通过基于高通量测序技术的病毒元基因组学结合常规的病毒分离鉴定方法，首次全面调查了云南省蝙蝠携带病毒的病原生态学本底，发现57种哺乳动物病毒，鉴定了18种新病毒，从而揭开该地区蝙蝠病毒的神秘面纱。其中国际上首次从蝙蝠体内发现了肝炎病毒，并阐明了这一新病毒的遗传多样性；在人们关心的SARS冠状病毒动物传播来源研究中发现了对人有潜在感染性的SARS样冠状病毒，进一步证明了蝙蝠是人类SARS冠状病毒的自然宿主和向人类传播SARS冠状病毒的源头动物；国际上还首次分离了2种新的蝙蝠轮状病毒，并测定了它们的全基因组序列，通过生物信息分析发现该地区的蝙蝠轮状病毒可能是造成东南亚地区儿童腹泻的病原体，动物试验显示其中一株具有潜在的公共卫生威胁。课题组还分离到多种新型的呼肠孤病毒和布尼亚病毒，此外，还发现了其它新的哺乳动物病毒，如水泡性口炎病毒、腺病毒、星状病毒、博卡病毒、圆环病毒、α冠状病毒等，并公布了它们的全基因组测序，共国内外同行参考使用。该项目研究基本掌握了蝙蝠病毒在云南省的地理分布特征，为我国和东南亚地区防范新发传染病的流行提供了重要的基础数据。同时，所建立的研究平台和研究模式为我国全面开展自然疫源地病原生态学调查奠定了坚实基础，目前，研究范围已经拓展到东北地区。
    该项目相关成果在国际著名杂志Journal of Virology、Emerging Infectious Diseases、Applied and environmental microbiology、PloS One等进行了发表。