蝙蝠携带多种人兽共患病病毒，了解蝙蝠携带病毒的多样性有助于防控蝙蝠源人兽共患病的发生。本实验室2005年启动蝙蝠源病毒的病原生态学与流行病学研究，已从广东、广西、云南、湖南、辽宁、吉林以及缅甸等地收集蝙蝠样品9000余份，涵盖蝙蝠种类30余种。在蝙蝠病毒调查初期，我们从广东西江流域的棕果蝠体内成功分离到一株新型呼肠孤病毒，该病毒具有一定的致病性。同时通过血清学调查发现，我国南方蝙蝠狂犬病毒抗体阳性率为2.2%，说明这些蝙蝠曾经有感染狂犬病毒的历史。

2010年后，本实验室建立了病毒宏基因组学方法研究蝙蝠病毒的平台，使更多新型蝙蝠病毒被发现。利用这种方法，我们发现不同地方不同种类的蝙蝠携带的病毒显著不同，呈现明显的种属特异性和地域特异性；同时也发现了大量的新型病毒，例如从缅甸的蝙蝠体内发现了新型的星状病毒、腺病毒、圆环病毒、博卡病毒、蝙蝠肝炎病毒等，其中博卡病毒为典型的腹泻性病原体，而蝙蝠肝炎病毒则与人的乙肝病毒有很高的同源关系，这也是世界上首次从蝙蝠体内发现肝炎病毒，现正在向国际病毒分类委员会申请新种的认定工作。基于病毒宏基因组学方法，我们从云南省的食虫蝠体内全球首次发现轮状病毒，同时成功分离获得两株病毒，该病毒是世界上婴幼儿腹泻的最重要病原体，毒理学实验证实该病毒对乳鼠有100%口服致死性。

目前本实验室在蝙蝠病毒研究方面已取得了显著的成果，在Journal of Virology、Emerging Infectious Diseases、PLOS One、Archives Virology、Vector borne and zoonotic diseases等国际著名杂志上发表多篇SCI论文。