蝙蝠是仅次于啮齿类的第二大类哺乳动物，占全球哺乳动物种类的20％，其分布广泛，除南北极外全球各个地区均有蝙蝠的存在。同时蝙蝠也是自然界的天然病毒库，近年来在蝙蝠体内发现的病毒逐渐增多，目前从不同的蝙蝠物种中分离出约140种病毒，包括弹状病毒科、正粘病毒科、副粘病毒科、冠状病毒科、披膜病毒科、黄病毒科、布尼亚病毒科、呼肠孤病毒科、疱疹病毒科、小RNA病毒科及腺病毒科等。以下为几种重要的常见蝙蝠携带病毒：

狂犬病毒（Lyssavirus）狂犬病又称恐水病，是由狂犬病毒引起的一种重要的人兽共患传染病，死亡率几乎为100%。蝙蝠携带的病毒中，狂犬病毒是最早被重视，也是目前研究最多的蝙蝠病毒。目前已知的12种狂犬病毒属中，除蒙哥拉病毒属外，其它11种的自然宿主都是蝙蝠。蝙蝠传播狂犬病的方式多样，如：(1)中南美分布的吸血蝠唾液中狂犬病毒的滴度相当高，可在吸食传染对象血液的同时传播病毒；(2)人和动物被蝙蝠抓伤后发生接触传染；(3)食肉动物捕食带毒蝙蝠后可通过口腔感染；(4)通过吸入蝙蝠呼出的带有大量狂犬病毒的气溶胶而感染，在成千上万只蝙蝠居住的山洞中，未感染的蝙蝠通过吸入带毒蝙蝠呼出的带有大量病毒的气溶胶而感染，这是导致狂犬病在蝙蝠中不断流行和蔓延的根本原因。而其它动物或人进入山洞时也可以被感染。

亨尼帕病毒该属病毒包含亨德拉（Hendra）病毒和尼帕（Nipha）病毒。亨德拉病毒首次发现于1994年9月澳大利亚亨德拉爆发的一场严重的马呼吸性疾病，并最终导致13匹马和一名驯马师死亡。流行病学分析发现，该疾病是由于马匹在牧场吃草时，接触到了带毒蝙蝠胎儿的组织或体液引起的。尼帕病毒于1998年9月到1999年6月被发现，由于马来西亚猪急性呼吸疾病的爆发，引发265例脑炎患者，并最终导致105人死亡。研究发现，尼帕病的爆发与环境破坏直接相关：森林面积减小、食物不足，迫使狐蝠从传统的森林生境栖息地中迁移到森林边缘附近的果园取食。而马来西亚有许多养猪场与果园毗邻，狐蝠污染的果实掉落到地上，被猪吃掉，从而把这种致命的病毒通过猪传播到人类。血清学和病毒学研究也表明蝙蝠是亨尼帕病毒的原始储存宿主。

冠状病毒（Coronavirus） 2002年-2003年，中国爆发了由冠状病毒SARS-CoV引起的严重的传染性非典型性肺炎（SARS），导致29个国家和地区共有8422例病例，其中916人死亡。最近，在菊头蝠体内发现了相应抗体以及与SARS-CoV相似的基因组序列，系统分析表明，菊头蝠可能携带人类SARS-CoV的病毒前体，因此蝙蝠被确定为SARS-CoV的自然宿主。

蝙蝠肝炎病毒（Bat hepatitis virus）嗜肝病毒科有两个属，分别为正嗜肝病毒属和禽嗜肝病毒属，其中前者包括可感染人类的乙肝病毒。研究证实肝炎病毒的宿主主要有灵长类、啮齿类和禽类。但本实验室通过对缅甸蝙蝠进行病毒组学的分析，并通过病毒宏基因组学首次发现蝙蝠中携带的一种新的肝炎病毒，命名为蝙蝠肝炎病毒，这不仅增加了蝙蝠病毒的种类，扩大了肝炎病毒的宿主范围，更重要的是，蝙蝠作为肝炎病毒的一个自然宿主，其对肝炎病毒的免疫机制值得研究。 A型流感病毒（Influenza A virus） A型流感病毒一直是人们关注的焦点，其宿主多归咎于野生的水禽类，蝙蝠携带流感病毒的报道较为少见。但2009年，Tong等在中美洲的一次流感普查中，从瓜地马拉的一种食果的黄肩蝠体内检测到了一种新型的流感病毒。

汉坦病毒（Hantavirus）汉坦病毒是一种重要的人兽共患病毒，能引起人“出血热肾综合征”（HFRS）和汉坦病毒肺脏综合征（HPS），啮齿类被认为是其自然宿主和传播媒介，并且传统研究认为，汉坦病毒源自啮齿类。2009年和2011年分别从西非的塞拉利昂和科特迪瓦的果蝠中检测到汉坦病毒，引起了人们对蝙蝠是否传播汉坦病毒的担心。汉坦病毒具有丰富的遗传多样性，其原因尚不清楚。2011到2012年，张永振研究团队从我国云南、内蒙、浙江和湖北四个地区捕获了树鼩、东北鼩鼱、菊头蝠和伏翼蝠，并从中检测到了汉坦病毒，他们分析发现蝙蝠源和食虫动物源的汉坦病毒处于祖先支的地位，并且亚洲汉坦病毒的多样性最为复杂，也先于其他洲汉坦病毒出现，这说明汉坦病毒有可能源自于蝙蝠类或者食虫目的动物，并且很可能起源于亚洲。

轮状病毒(Rotavirus）轮状病毒作为全球最重要的婴幼儿腹泻病原体，能感染多种动物，如：猫、犬、牛、猪等，是一种典型的人兽共患病毒。2010年Esona等从肯尼亚的黄毛果蝠中检测到了一株新型的轮状病毒，该轮状病毒同已知病毒有很大的遗传差异性，多个基因节段都形成了新的基因型，该研究将轮状病毒的宿主延伸到了蝙蝠，同时也扩大了蝙蝠携带病毒的种类。本实验室通过病毒宏基因组学技术对云南蝙蝠进行研究时，也发现了轮状病毒的信号，并通过细胞分离成功获得两株轮状病毒，说明我国的食虫蝠也携带轮状病毒，为轮状病毒的防控带来了新的挑战。大多数情况下，蝙蝠所携带的病毒会感染另一个物种(通常是一种家畜)，并通过该物种感染人类。蝙蝠的寿命长达50年，为病毒提供了稳定的栖身之所；它们群居在洞穴和建筑物中，在这些地方传播疾病；蝙蝠在寻找食物时，一天可以飞行15英里，这些特点使蝙蝠成为出色的传病媒介，可大范围传播病原体。由于蝙蝠独特的生理特点使得蝙蝠可以携带多种病毒，而且很容易传播到外界，然而环境的破坏是促进蝙蝠将病毒传播到人类和其他动物的因素之一。

很多蝙蝠的自然栖息地原本同人类距离较远，但是随着人口的增加，人类活动范围无限地向自然环境延伸，人类不断地探索和开发自然使得蝙蝠栖息地缩小，这些因素迫使蝙蝠不断地离开自然栖息地，向其他地方转移并逐渐融入到人类活动范围内，甚至直接栖息到人类的居住环境中。这种活动范围的融合和交叉，毫无疑问地增加了蝙蝠病毒散播的机会。

此外，在非洲、东南亚和我国的南部一些省份，存在食用蝙蝠的习俗，人们在追求这种“野味”的同时，必然要将自己暴露在蝙蝠病毒中。因此，为了有效地防控蝙蝠源的人兽共患病，除了要调查清楚蝙蝠携带病毒的多样性和其致病性以外，更多的需要恢复自然环境的平衡，还给蝙蝠一片属于它们自己的空间；同时我们自身要远离这种动物，不要为了捕杀它们而把自己暴露在危险之中。蝙蝠这种古老的动物，作为自然界中的一份子，已存在数百万年，其在生态平衡中的作用是不可或缺的，不应该因为它携带了大量的病毒而对其进行捕杀，我们更应该做的是保护生态环境，保护动物，让所有动物在大自然中发挥他们应有的作用，共同维持生态的平衡。